در مورد پیامدهای انسانی سقوط حکومت خودمختار دو دیدگاه وجود دارد، منابع حزب توده و طرفداران فرقه از هزاران نفر کشته و آواره یاد کرده‌اند. جمیل حسنلی (عضو آکادمی ملی علوم آذربایجان)، می‌نویسد «در اوضاع نا به سامان پس از فروپاشی هزاران نفر از هواداران فرقه کشته و زندانی شدند و نزدیک به ده هزار نفر به آنسوی مرز گریختند» در صورتی که بنا به نظر حمید احمدی (دانشیار علوم سیاسی دانشگاه تهران)، بسیاری از این اظهارات مبتنی بر داده‌های مستند و تاریخی نیست، اما به دلایل سیاسی و استراتژیک یعنی به منظور بسیج احساسات افراد متعلق به گروهای قومی بیان می‌شود. اسناد سفارت آمریکا تعداد کشته شدگان در حملات عوام به طرفداران فرقه را که در فاصله ورود ارتش به تبریز پیش آمده بود ۴۲۱ نفر اعلام کرده‌اند. منابع دولت ایران از ۲۰ نفر اعدام و روزنامه‌های آن زمان از عددهایی در حدود ۲۰۰ نفر کشته یاد می‌کنند، این در حالی است که ارتشبد حسین فردوست که به هنگام هجوم ارتش به آذربایجان جهت رفع نیازهای مالی ارتش شاه از سوی حکومت مرکزی به تبریز سفر کرده بود، در خاطرات خود از اعدام حدود ۲۰۰۰ الی ۳۰۰۰ نفر در تبریز – بدون هیچ‌گونه تشریفاتی و در جلوی خانه‌های افراد و در سر خیابان‌ها – خبر می‌دهد.
