کیوان خسروی سخنگوی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی امروز، جمعه ۱۳ تیر اعلام کرد «فرضیه های مختلف در مورد علت این رخداد با بررسی دقیق آثار، نحوه و میزان تخریب ایجاد شده، علت اصلی حادثه مشخص شده است.»
با این وجود آقای خسروی در ادامه گفت «به دلیل برخی ملاحظات امنیتی علت و چگونگی بروز این حادثه در زمان مناسب اعلام خواهد شد.»
نیویورک تایمز در گزارشی از قول یک منبع امنیتی در خاورمیانه و یک کارشناس تسلیحات هسته‌ای و با مطالعه کارشناسی عکس منتشر شده از مکان حادثه احتمال داده بود که خرابی به بار آمده ناشی از یک «وسیله انفجاری» بوده که در داخل ساختمان کار گذاشته شده بوده است.
نیویورک تایمز همچنین با توجه به خرابی‌ای که از محل حادثه دیده می‌شود و با علم بر اینکه بخش اصلی سوله در زیر زمین قرار دارد نوشته بود که «در این عکس مشخص نیست چه میزان تخریب در زیر این ساختمان روی داده است.»
بر اساس این گزارش در اثر این انفجار بخش وسیع روزمینی ساختمان مورد نظر آسیب دیده که نسل جدید سانتریفیوژهای ایران پیش از نصب، در آنجا بالانس می‌شدند.»
در عین حال سخنگوی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی ایران نیز می‌گوید «بررسی‌های فنی و امنیتی انجام شده از سوی دستگاههای ذیربط ،علت وقوع حادثه در مجتمع هسته ای شهید احمدی روشن در نطنز را که بامداد پنج شنبه ۱۲ مرداد ماه به وقوع پیوست به صورت دقیق مشخص کرده است.»
نیویورک‌تایمز در ادامه نوشته بود که سرویس‌های امنیتی آمریکا و اسرائيل سال ۲۰۰۷ در عملیاتی و با استفاده از ویروس استاکس‌نت این تأسیسات را مورد حمله قرار دادند که در پی این عملیات حدود ۱۰۰۰ سانتیریفیوژ ایران از کار انداخته شد و در برنامه هسته‌ای ایران به اندازه یک سال یا بیشتر تأخیر ایجاد شد.
بهروز کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی ایران بامداد روز پنجشنبه ۱۲ تیر از وقوع یک حادثه در سایت اتمی نطنز خبر داد و گفت که این حادثه هیچ تلفاتی در پی نداشته است.
این «حادثه» در حالی به‌وقوع پیوسته بود که یک هفته پیش حادثه انفجار تأسیسات موشکی خجیر رخ داده بود.
هفتۀ گذشته انفجاری مهیب در منطقه پارچین تهران روی داد که مقامات جمهوری اسلامی از آن نیز به عنوان «حادثه» ای که در نتیجۀ نشست گاز به وجود آمده بود، یاد کردند.
