علی مطهری، نایب رئیس سابق مجلس شورای اسلامی، یک روز پس از بازتاب سخنانش در مورد برنامه هسته‌ای ایران که گفته بود:«از همان ابتدا هدف‌مان تولید بمب هسته‌ای بود اما افشا شد»، گفت «هدف نظام هیچ گاه تولید بمب اتمی نبوده است.»
علی مطهری روز یکشنبه (4 اردیبهشت) در پاسخ به پرسشی درباره جنبه تسلیحاتی برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی اظهار داشت: «از همان ابتدا که وارد فعالیت هسته‌ای شدیم هدف‌مان ساخت بمب و تقویت قوای بازدارنده بود، اما نتوانستیم محرمانه بودن این مسئله را حفظ کنیم و گزارش‌های محرمانه توسط منافقین افشا شد.»
نایب رئیس مجلس همچنین در پاسخ به سوال خبرنگار مبنی براینکه «دربحبوحه مذاکرات هسته ای فعلی، آیا این اظهارات تبعاتی ندارد»، مطهری نیز پاسخ می دهد: «کسی به حرف ما توجه ندارد که.»
علی مطهری یک روز بعد در صفحه شخصی خود نوشت: «از مصاحبه من با ایسکانیوز جمله‌ای به این مضمون نقل شده است که ‘ما از ابتدا دنبال ساخت بمب اتم بودیم ولی گزارش منافقین مانع شد’. این جمله با توجه به قبل و بعد آن و سؤال مصاحبه‌کننده درست منعکس نشده است.»
به نظر می رسد این تکذیب پس از فشار مقامات حکومتی صورت گرفته است.
این تکذیب در حالی صورت می‌گیرد که پیشتر اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس‌جمهوری سابق ایران، نیز تایید کرده بود که ایران در دوران جنگ با عراق، «در فکر تولید بمب هسته‌ای بود اما آن را عملی نکرد.»
محسن رضایی فرمانده سپاه در دوران جنگ نیز در نامه‌ای محرمانه به خمینی از نیاز به داشتن «سلاح‌های لیزری و هسته‌ای» سخن گفته بود.
برنامه ساخت بمب هسته ای و غنی سازی اورانیوم در نطنز و تاسیسات آب سنگین اراک برای اولین بار در سال 1381 افشاء شد.
حکومت همچنین به وجود دومین سایت غنی‌سازی اورانیوم خود، فردو، نیز بعد از افشا شدن توسط مقامات اطلاعاتی آمریکا و فرانسه در سپتامبر سال 2009 میلادی اعتراف کرد.
مطهری در ادامه اظهارات همچنین گفته است: «کشوری که می‌خواهد استفاده صلح‌آمیز هسته‌ای داشته باشد، هیچ‌گاه از غنی‌سازی شروع نمی‌کند بلکه ابتدا رأکتور تأسیس می‌کند و بعد به حوزه غنی‌سازی وارد می‌شود، اما این‌که مستقیماً غنی‌سازی انجام دهیم این شائبه را ایجاد می‌کند که می‌خواهیم بمب بسازیم.»
او افزود: «اگر ما هم مانند پاکستان می‌توانستیم به‌طور محرمانه بمب بسازیم و آزمایش کنیم بسیار بازدارنده بود. کشورهای دیگر روی توان هسته‌ای حساب باز می‌کنند، لذا معتقدم وقتی کاری را شروع کردیم باید تا آخرش می‌رفتیم.»
ایران طی 20 سال گذشته همواره مدعی بوده که دنبال ساخت سلاح هسته‌ای نیست و مقامات ایران بارها به فتوای علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی استناد کرده‌اند که استفاده از سلاح‌های شیمیایی و هسته‌ای را «حرام» اعلام کرده است.
آمریکا، اسرائیل و کشورهای اروپایی، ایران را به پنهانکاری در برنامه هسته‌ای متهم می‌کنند و آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز اعلام کرده که ایران از شفاف‌سازی سایت‌های مشکوکی که آثار اورانیوم در آن کشف شده است، طفره می‌رود.
