در ۲۵ فوریه ۱۹۹۲ نیروهای مسلح ارمنستان با کمک خودروهای زرهی و پرسنل نظامی هنگ ۳۶۶ مستقر در شهر خانکندی در زمان اتحاد جماهیر شوروی به شهر خوجالی حمله کردند. ۲۵۰۰ نفر از ساکنان شهر محاصره شده برای فرار به سمت آغدام حرکت کردند. با این حال، ارامنه ای که در کمین ایستاده بودند، غیرنظامیان را تیرباران کردند. در نتیجه نسل کشی خوجالی که فاجعه قرن است، ۶۱۳ نفر از ساکنان خوجالی کشته شدند، ۸ خانواده به کلی نسل کشی، ۲۵ کودک هر دو والدین خود را از دست دادند، ۱۳۰ کودک یکی از والدین خود را از دست دادند. ۴۸۷ نفر از جمله ۷۶ کودک بر اثر اصابت گلوله دشمن مجروح شدند. ۱۲۷۵ نفر گروگان گرفته شدند. هنوز از سرنوشت ۱۵۰ گروگان شامل ۶۸ زن و ۲۶ کودک اطلاعی در دست نیست.
بر اساس آمار رسمی، بیش از ۱۴۰ میلیون منات (حدود ۱۷۰ میلیون دلار آمریکا) به دلیل تخریب و غارت اموال دولتی و اموال شخصی در ارتباط با اشغال شهر خوجالی توسط گروه های تروریستی ارمنی به دولت آذربایجان و شهروندان آن خسارت وارد شده است.
در سال ۱۹۹۳، بنای یادبودی در منطقه خطایی باکو به یاد قربانیان نسل کشی خوجالی برپا شد. در سال ۱۹۹۴، به تصمیم حیدر علی اف، مجلس ملی قطعنامه ویژه «۲۶ فوریه روز نسل کشی خوجالی» را تصویب کرد. در این سند دلایل حادثه و مقصران به تفصیل توضیح داده شده است.
از فوریه ۲۰۰۹، کمپین «عدالت برای خوجالی» به تصمیم لیلا علیئوا، هماهنگ کننده ارشد گفتگوی بین تمدنی سازمان انجمن جوانان کنفرانس اسلامی برگزار شده است. هدف از این کمپین اطلاع رسانی به جامعه جهانی در مورد فاجعه خوجالی، ارزش گذاری اخلاقی و سیاسی به این فاجعه در جهان و بزرگداشت آن در سطح بین المللی است. این کمپین از وب سایت www.justiceforkhojaly.org ارائه می شود.
سالگرد نسل کشی خوجالی هر ساله در آذربایجان و بسیاری از کشورهای جهان گرامی داشته می شود. هر ساله در ۲۶ فوریه، سفارتخانه ها و سازمان های دیاسپورای آذربایجان مراسم و کنفرانس هایی را در کشورهای محل فعالیت خود برگزار می کنند. در این رویدادها، غرفه‌های عکس و مستند وکتاب‌هایی که واقعیت‌های نسل‌کشی را نشان می‌دهند به نمایش گذاشته می‌شود.
در حال حاضر حدود ۲۰ نهاد ملی قانونگذاری و همچنین ۲۴ ایالت آمریکا و سازمان همکاری اسلامی، سازمان کشورهای تورک، قطعنامه ها و تصمیمات متعددی در محکومیت کشتار غیرنظامیان در خوجالی اتخاذ کرده اند. آن را نسل کشی و جنایت علیه بشریت ارزیابی می کنند.
لازم به ذکر است که شهر خوجالی در ۱۹ تا ۲۰ سپتامبر ۲۰۲۳ در نتیجه اقدامات ضد تروریستی محلی ارتش آذربایجان در قاراباغ از وجود جدایی طلبان ارمنی پاکسازی شد. در ۱۵ اکتبر ۲۰۲۳، الهام علی اف، رئیس جمهور آذربایجان، پرچم دولتی جمهوری آذربایجان را در شهر خوجالی به اهتزاز درآورد. اهتزاز پرچم آذربایجان در این شهر بار دیگر نشان می دهد که انتقام قربانیان فاجعه خوجالی گرفته شد.
تا به امروز، ۱۱۲ خانواده (۵۶۲ نفر) به طور دائم در روستای باللیجا خوجالی اسکان داده شده اند.