در فروردین ماه سال ۱۴۰۲ دهیاری روستای آشاغی چاوان (چوان سفلی) در شهرستان مراغه از برداشت معدن آهک این روستا توسط «شرکت معدن کاوان گنجینه ظفر» از شرکت‌های معدنی وابسته به هلدینگ ظفر در محوطه غار چپر ابراز نگرانی کرد. در این راستا برخی از سازمان‌های مردم نهاد شهرستان مراغه جهت جلوگیری از تخریب این غار نامه‌نگاری‌هایی را به ادارات مختلف شهرستان مراغه شروع نمودند.
این سازمان‌ها ابتدا نامه‌ای خطاب به دادستان مراغه تنظیم کرده و با توجه به ارزش بالای این اثر، از وی خواستند تا ضمن دریافت نظریه‌های کارشناسی از ادارات محیط زیست، منابع طبیعی و میراث فرهنگی، نسبت به برخورد قانونی با عاملان این تخریب اقدام کند. نامه‌ای که رونوشت آن علاوه بر روسای این ادارات به فرماندار مراغه نیز ارسال شد. با این حال تا زمان تنظیم این گزارش و شروع بیش از چند ماه از حفاری‌ها جهت برداشت آهک از معدن روستای آشاغی چاوان (چوان سفلی) در محوطه غار چپر، هنوز اقدام موثری جهت جلوگیری از این تخریب این غار صورت نگرفته است.
جالب آنکه تمامی جوانب زیست محیطی و تخریبات احتمالی که معدن‌کاری می‌تواند بر جای بگذارد، بایستی قبل از صدور مجوز کشف و برداشت آن انجام گیرد. حال بررسی جوانب معدن‌کاری در اطراف غار چپر چند ماه پس از برداشت از این معدن مورد توجه قرار گرفته که تا به حال هم هیچ نتیجه‌ای در بر نداشته است.
این غار با ۲۰۰ میلیون سال قدمت در دوره اول زمین شناسی تشکیل شده است. با وجود اینکه این غار در سال ۱۳۹۴ توسط غارنوردان کشف شده است، اما تاکنون در فهرست آثار ملی به ثبت نرسیده است.
این غار پس از غارهایی همچون کتله‌خور (شهرستان قیدار استان زنجان)، غار علی‌صدر (استان همدان)، غار سهولان (شهرستان مهاباد/ سویوق بولاق استان آذربایجان غربی) و غار هامپوئیل (شهرستان مراغه استان آذربایجان شرقی) یکی از بزرگترین غارهای آذربایجان محسوب می‌شود.
