شمخانی که نزدیک به ۱۰ سال است در سمت دبیر شورای عالی امنیت ملی حضور دارد، بیتی از محتشم کاشانی در توییتر خود منتشر کرد که می‌گوید: «حرفی که در حجاب ز گفت و شنود بود/ آخر به رمز گفت و به ایما شنود و رفت».
نورنیوز با استناد به این شعر «معنادار» همچنین نوشت: «طی هفته‌های اخیر در محافل مختلف، شایعات زیادی در خصوص قصد دریابان شمخانی برای کناره‌گیری از دبیری شورای عالی امنیت ملی بر سر زبان‌ها بود.»
هم‌زمان، صابرین‌نیوز، ارگان رسانه‌‌ای نزدیک به سپاه پاسداران، در پستی «غیررسمی و تایید نشده» در تلگرام نوشت احتمال می‌دهد «علی‌اکبر احمدیان به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی منصوب شود».
پس از قتل مهسا امینی به دست پلیس امنیت اخلاقی و آغاز خیزش انقلابی، حمید رسایی، از چهره‌های تندرو جریان اصولگرا، از جمله افرادی بود که خواهان برکناری شمخانی برای مدیریت بهتر سرکوب اعتراضات شد.
بر اساس یک فایل صوتی که در آن صدای این نماینده سابق مجلس شنیده می‌شود، او برای مدیریت بهتر سرکوب اعتراضات خواستار برکناری شمخانی شد.
به گفته رسایی، مقام‌های همه نهادهای دخیل در سرکوب که او با آن‌ها صحبت کرده، دلیل ناکامی در سرکوب خیزش انقلابی ایرانیان علیه جمهوری اسلامی را عملکرد علی شمخانی می‌دانند و «آدرس دبیر شورای عالی امنیت ملی را می‌دهند».
او گفت که عالی‌ترین سمت بعد از رییس شورای عالی امنیت ملی یعنی ابراهیم رئیسی، دبیر این شوراست و اعلام کرد که دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی در مدیریت سرکوب اعتراضات ناکارآمد بوده است.
رسایی گفت: «علی شمخانی دبیر مورد اعتماد حسن روحانی و از مسببین وضع موجود است و در کنار حسن روحانی باید پاسخگو باشد.»
شمخانی که متولد سال ۱۳۳۴ در اهواز است، از سال ۱۳۹۲ و زمان ریاست جمهوری حسن روحانی در سمت دبیر شورای عالی امنیت ملی بوده است. وی در زمان ریاست جمهوری دونالد ترامپ در فهرست تحریم‌های آمریکا قرار گرفت.
