علی مطهری نماینده مردم تهران در مجلس ایران، در قسمتهایی از یادداشتی که اخیرا پیرامون سیاست دولت ایران در قبال موضوع کشمیر منتشر نموده است، به موضع ایران در جنگ قاراباغ نیز اشاره نموده و اعتراف کرده است که دولت ایران در مسئله قاراباغ طرف ارمنستان را گرفته است.
بخشی از متن این یادداشت بدین شرح است:
«همبستگی اسلامی ایجاب می‌کند که ما نسبت به سرنوشت سایر مسلمانان بی‌تفاوت نباشیم.
وظیفه جمهوری اسلامی ایران در موضوع کشمیر بیشتر از آن است که تاکنون از خود بروز داده است.
متأسفانه سیاست خارجی کشور ما به موضوع همبستگی و برادری اسلامی توجه کافی ندارد. در گذشته نیز در موضوع مورد اختلاف آذربایجان و ارمنستان یعنی قره‌باغ، ما با آنکه حق با آذربایجان بود، به خاطر ملاحظات قومی در مجموع طرف ارمنستان را گرفتیم. یا درباره آزار و اذیت مسلمانان چین توسط دولت این کشور موضع مناسب نگرفتیم و همین طور درباره رفتار روسیه با مسلمانان چچن در سالهای پیش.
امیدوارم سیاست خارجی کشورمان در موضوع کشمیر روش گذشته را تکرار نکند و در جهت احقاق حق این مردم مظلوم تلاش نماید.»
خاطر نشان می شود که مناقشه قاراباغ از سال 1991 آغاز و در سال 1992 با متجاوزگری دولت ارمنستان وارد فاز نظامی و سپس اشغال 20 درصد از اراضی تاریخی آذربايجان و قتل عام هزاران غیر نظامی بی دفاع آذربایجانی از سوی نیروهای نظامی ارمنستان انجامید.
