در پی مخالفت علنی حسن روحانی، رییس جمهور ایران با مصوبه شورای نگهبان درخصوص شرایط داوطلبان ثبت‌نام در انتخابات ریاست‌جمهوری، سخنگوی این شورا در توئیتی عنوان کرد: «مصوبه شورای نگهبان در خصوص شرایط ثبت‌نام کنندگان انتخابات ریاست‌جمهوری برای وزارت کشور و دیگر مجریان لازم الاجراست.»
با این تقابل در راس نظام، مشخص نیست شرایط داوطلبان ثبت‌نام آنطور که حسن روحانی تاکید کرده «طبق قوانین موجود» خواهد بود یا مصوبه جدید شورای نگهبان که به عقیده مخالفان، از جمله احمدی‌نژاد «نقض قانون اساسی» است، خواهد بود.
به عقیده برخی تحلیل‌گران، در صورت مداخله در شرایط داوطلبان ثبت‌نام در انتخابات ریاست‌جمهوری که در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مشخص شده، باید رفراندوم برگزار شود و شورای نگهبان اختیار مداخله در قانون اساسی را ندارد.
اما در مورد مصوبه‌هایی که مورد اختلاف مجلس و شورای نگهبان است، مصوبه مورد نظر برای تایید و یا رد نهایی به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارسال می‌شود.