سخنگوی سپاه پاسداران ایران همچنین بدون ارایه مدرک با اتهام کردن اسراییل در این ترور گفت: «صهیونیست‌ها [اسراییلی‌ها] به خوبی می‌دانند اقداماتشان بی‌پاسخ نخواهد ماند و این موضوع در سال‌های اخیر به آن‌ها ثابت شده است.»
این در حالیست که رمضان شریف، روز یکشنبه ۹ آذر با انتشار بیانیه‌ای توئیت حسین سلامی، فرمانده این نیروی نظامی مبنی بر «انتقام و مجازات سخت» از «طراحان، عاملان و حامیان» ترور فخری‌زاده را تکذیب کرد.
در این باره بخوانید: سپاه از «انتقام و مجازات سخت» در موضوع ترور فخری‌زاده عقب‌نشینی کرد
خبرگزاری فارس وابسته به سپاه پاسداران نیز دو روز پس از ترور فخری‌زاده بدون ذکر منبع اعلام کرد که تیراندازی به سمت خودروی او با استفاده از «سلاح‌های خودکار» صورت گرفته و «هیچ عامل انسانی در محل ترور حضور نداشته است.»
همچنین بخوانید: خبرگزاری فارس: ترور فخری‌زاده بدون عوامل انسانی و با تیربار کنترل از راه دور انجام شده
محسن فخری‌زاده، از چهره‌های اصلی و پشت پرده برنامه هسته‌ای و موشکی جمهوری اسلامی ایران بود که روز جمعه ۷ آذر در جاده آبسرد دماوند ترور شد.
این در حالیست که مقامات نظامی امنیتی ایران مانند امیر حاتمی، وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، در توضیح حادثه، بدون اشاره به استفاده از تیربار اتوماتیک از تیراندازی مهاجمان حاضر در صحنه سخن گفته بود.
حسین دهقان، مشاور نظامی علی خامنه‌ای، رهبر ایران، نیز روز شنبه ۸ آذر در گفت‌وگو با تلویزیون ایران گفت که ترور محسن فخری‌زاده با «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی صورت گرفته و مقامات مسئول «باید جواب دهند.»
همچنین، خبرگزاری‌های حکومتی از «زخمی شدن چند نفر از نزدیکان» فخری‌زاده خبر داده بودند ولی در گزارش روز یکشنبه خبرگزاری فارس اشاره شده که فقط محافظ این دانشمند هسته‌ای جمهوری اسلامی «مجروح شده است»
بهروز کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی ایران نیز در گفتگو با سایت تحلیل بازار از یکی بودن عوامل ترور فخری‌زاده و انفجار نطنز خبر داده بود.
