خبرگزاری فارس در گزارش خود می‌نویسد، ماشین ضدگلوله حامل محسن فخری زاده و همسر وی، صبح جمعه به همراه ۳ ماشین تیم حفاظت از شهر رستمکلای مازندران به سمت آبسرد دماوند حرکت می‌کند.
به گفته این خبرگزاری صدای ناشی از اصابت چند گلوله به ماشین، موجب جلب توجه دکتر فخری‌زاده و متوقف کردن ماشین می‌شود. فخری‌زاده به تصور اینکه صدا ناشی از برخورد با مانع خارجی یا اشکال در موتور خودرو بوده از ماشین پیاده می‌شود.»
بر اساس این گزارش، در همین لحظه از خودرو نیسانی که در فاصله ۱۵۰ متری ماشین فخری‌زاده متوقف بوده، از یک دستگاه تیربار اتوماتیک کنترل از راه دور، شلیک‌های متعددی به سمت او صورت می‌گیرد. دو گلوله به پهلو و یک گلوله به پشت فخری‌زاده برخورد می‌کند که منجر به قطع نخاع وی می‌گردد.
در این اثنا سرتیم حفاظت بدن خود را حائل پیکر فخری‌زاده می‌کند و چند تیر نیز به بدن وی اصابت می‌کند. لحظاتی بعد همان نیسان متوقف شده نیز منفجر می‌شود.
خبرگزاری فارس مدعی شده که در این عملیات که حدود ۳ دقیقه طول کشیده، هیچ عامل انسانی در محل ترور حضور نداشته و تیراندازی‌ها تنها توسط سلاح خودکار انجام شده است و به جز محافظ فخری‌زاده که مجروح می‌شود، هیچ فرد دیگری در این حادثه آسیب نمی‌بیند.
این در حالیست که مقامات نظامی امنیتی ایران مانند امیر حاتمی، وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، در توضیح حادثه، بدون اشاره به استفاده از تیربار اتوماتیک از تیراندازی مهاجمان حاضر در صحنه سخن گفته بود.
حسین دهقان، مشاور نظامی علی خامنه‌ای، رهبر ایران، نیز روز شنبه ۸ آذر در گفت‌وگو با تلویزیون ایران گفت که ترور محسن فخری‌زاده با «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی صورت گرفته و مقامات مسئول «باید جواب دهند.»
همچنین، خبرگزاری‌های حکومتی از «زخمی شدن چند نفر از نزدیکان» فخری‌زاده خبر داده بودند ولی در گزارش روز یکشنبه خبرگزاری فارس اشاره شده که فقط محافظ این دانشمند هسته‌ای جمهوری اسلامی «مجروح شده است»
