سخنگو و معاون رئیس سازمان انرژی اتمی در پاسخ به سوالی درباره دسترسی بازرسان آژانس به مجتمع‌های مورد نظر سازمان انرژی اتمی ابراز داشت: «اینها را نباید خیلی به هم مرتبط کرد؛ اگرچه ممکن است در بعضی موضوعات بی‌ارتباط نباشد ولی در مورد خاص اینها مسائلی نیست که یک سازمان بخواهد رأساً تصمیم بگیرد یا تحلیل داشته باشد.»
این مقام سازمان انرژی اتمی ایران گفت که عوامل «حادثه نطنز… با اتفاق اخیر [ترور محسن فخری‌زاده] یکی است.»
وی همچنین مدعی شد که «به نظر می‌رسد رژیم صهیونیستی [اسراییل] در این قضایا نقش دارد.»
ادعای دست داشتن اسراییل در این ترور در حالی از سوی سخنگوی سازمان انرژی اتمی ایران و همچنین روحانی و سایر مقامات بیان می‌شود که علی خامنه‌ای در پیام خود هیچ اشاره ای به اسراییل نداشته است.
بهروز کمالوندی در بخش دیگری از سخنانش در باره سمت محسن فخری‌زاده گفته که «فخری‌زاده فوق‌لیسانس و دکترای فیزیک هسته‌ای داشتند ولی کار اصلی ایشان در وزارت دفاع، متمرکز بر سازمان پژوهش‌ها و نوآوری‌های صنایع دفاع بود که در همه حوزه‌ها متنوع است.»
از سوی دیگر حسین دهقان، مشاور نظامی علی خامنه‌ای، رهبر ایران، روز شنبه ۸ آذر در گفت‌وگو با تلویزیون ایران گفت که ترور محسن فخری‌زاده با «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی صورت گرفته و مقامات مسئول «باید جواب دهند.»
این مقام ارشد امنیتی-نظامی ایران همچنین با رد ناکافی بودن حفاظت از محسن فخری‌زاده گفت که او «کاملا حفاظت می‌شد و تیم حفاظت ایشان در سطوح بالای حفاظتی بود» و «خودروهای متناسب در اختیار» محسن فخری‌زاده قرار داشته است.
