صادق آملی لاریجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، در واکنش به اظهارات محمد یزدی، عضو شورای نگهبان، او را به بیان «مطالب موهن» و «تکرار دروغ» متهم کرد و با اشاره به اینکه «گویی روزتان به شب نمی‌رسد اگر تعریضی، توهینی و افترایی نداشته باشید» گفته است: «جناب آقای یزدی، چرا به این وضعیت افتاده‌اید؟»
محمد یزدی در یک سخنرانی که یکشنبه گذشته در قم ایراد شد و جزئیات آن روز ۲۶ مرداد منتشر شد شدیدا به صادق آملی لاریجانی تاخته و گفته بود: «فلانی می‌گوید اگر این کار را نکنید نجف می‌روم! خوب بروید، آیا با رفتن شما قم به‌هم می‌خورد؟ شما در قم بودن‌تان هم خیلی موثر نبود؛ چه رسد که نجف بروید».
محمد یزدی همچنین بدون نام بردن از اکبر طبری گفته بود: «رئیس دفتری که ده سال جای مهمی را اداره کرده دستگیر می‌شود، بعد اعتراض می‌کند که چرا گرفتید؟ به اسم مدرسه علمیه، کاخ ساختند!… از کجا آوردی ساختی؟»
به گزارش تسنیم، صادق آملی لاریجانی در واکنش به این اظهارات گفته است: «در یک پاراگراف که از شما نقل کرده‌اند، خوب است که چند تا خلاف واقع گفته باشید و چند تا توهین؟»
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام انتقادهای اخیر از او در رسانه‌های جمهوری اسلامی بویژه صداوسیما را «نمایشی بر اساس سناریوهای از پیش طراحی‌شده» خوانده و گفته است این «فضاسازی‌های رسانه‌ای» نشانگر این است که «پروژه بزرگ‌تری» در «تخریب اینجانب و شاید هم تخریب‌های دیگر» در جریان است.
صادق لاریجانی با اشاره به اینکه ابتدا نمی‌خواسته است به حملات اخیر علیه خود پاسخی دهد نوشته است: «احساس می‌کنم بازی‌های صدا و سیما و برخی نهادهای دیگر به نقطه‌ای رسیده است که سکوت در مقابل آن جایز نیست و البته در موقع مناسب، به تفصیل در مورد ابعاد آن صحبت خواهم کرد».
صادق آملی لاریجانی همچنین گفته است: «بنده سینه‌ام خزانه‌الاسرار اتهامات مجموعه‌ای از معاونان، قائم مقامان و آقازاده‌های مسئولان و شخصیت‌هاست».
رئیس پیشین قوه قضائیه جمهوری اسلامی با اشاره به بازداشت اکبر طبری، معاون اجرایی حوزه ریاست قوه قضائیه، پرسیده است: «آیا همین کار را برای آقای شریفی، قائم مقام شهردار اسبق تهران، و آقای سیف، معاون اقتصادی اطلاعات سپاه، و … کرده‌اند؟ و فساد آنها را به آقای قالیباف و آقای طائب و دیگران سرایت داده‌اند؟»
صادق آملی لاریجانی همچنین در نامه‌اش به عملکرد محمد یزدی در دو زمینه علمی و اجرایی نیز پرداخته است.
وی در بخشی از این نامه خطاب به محمد یزدی نوشته است: شما بجز «داد و قال»، توهین به مسئولین و بزرگان»، «افترا زدن و تحقیر کردن» آیا «کار دیگری هم کرده‌اید؟»؛ شما با آیت‌الله شبیری «چه کرده‌اید»؟
صادق آملی لاریجانی در بخش دیگری از نامه‌اش با این پرسش که «شما در عرصه تحقیق و پژوهش‌های علمی چه کرده‌اید»، گفته است: کافی است کسی نیم‌نگاهی به حاشیه‌های محمد یزدی بر «کتاب القضاء» بیندازد «تا معلوم شود حد تحصیلات جنابعالی و استفراغ وسعتان در باب استنباط احکام».
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام درباره موقعیت محمد یزدی در شورای نگهبان نیز تأکید کرده است: سخنان شما مرا ملزم می‌کند اشاره کنم که در جلسات شورای نگهبان «سخنان غیردقیق، غیرمستدل و حتی نامربوط شما برای اعضا روشن است؛ اگر سکوت می‌کنند و چیزی نمی‌گویند، حرمت پیرمردی شما را پاس می‌دارند».
صادق لاریجانی اشاره کرده که در یک جلسه شورای نگهبان، وی درباره یک موضوع جدید بحث می‌کرده است ولی محمد یزدی «به خیال آنکه هنوز بحث در مسئله قبلی است که راجع به آن رای‌گیری شده… مثل همیشه» شروع کرده است «به داد و قال کردن و توهین کردن و همه هاج و واج مانده بودند که شما چه می‌گویید».
وی سپس پرسیده است: «جناب یزدی، بنده که طبق نوبت و در مسئله جدید بحث می‌کردم. شما در چه عوالمی بودید؟! البته این‌گونه مشکلات از ناحیه جنابعالی در شورای نگهبان کم نیست. ما از شما فهم کلمات محقق نائینی و محقق عراقی و محقق اصفهانی را نمی‌خواهیم که انتظارش بی‌مورد است! اما دقت در همین عبارت‌های فارسی قوانین مصوب مجلس و دقت در بررسی خلاف قانون و یا خلاف شرع بودن آنها انتظار به حقی است که متاسفانه گاه این هم مفقود است».
رئیس پیشین قوه قضائیه در پاسخ به محمد یزدی که گفته بود با آمدن ابراهیم رئیسی «قوه قضائیه از رکود خارج شد»، از عملکرد خود در این قوه دفاع کرده و با اشاره به یک نقل قول مدعی شده است که «در طول این ده سال، بیش از صد سال عدلیه، امکانات برای دادگاه ها و دادسراها فراهم گردید».